Berdasarkan  Surat keputusan Menteri Pendidikan  dan Kebudayaan, No. 277/0/1999. Tanggal 14 Oktober 1999 NO. 200/0/2003 tanggal 31 Oktober 2003. Struktur organisasi Universitas Negeri Makassar terdiri atas komponen-komponen berikut ini :

1. Rektor dan pembantu Rektor
2. Senat
3. Fakultas Fakultas
4. Program Pascasarjana
5. Dosen
6. Lembaga Penelitian
7. Lembaga Pengabdian Kepada Masyarakat
8. Biro Administrasi Akademik Kemahasiswaan
9. Biro Administrasi Umum dan Keuangan
10. Biro Administrasi Perencanaan dan Sistem Informasi
11. Unit Pelaksana Teknis

-          UPT Perpustakaan

-          ICT Center

-          Unit Pelaksana Teknis Lainnya